4月12日，中央环保督察组向北京市委、市政府反馈督察意见，督察指出，北京市生态环保工作虽取得积极进展，但压力传导不够与工作统筹不足的问题依然存在，“一些长期累积的矛盾和问题尚未得到有效解决，城市环境管理比较粗放。”督察组组长马馼说。
反馈会上，马馼指出，2013年以来，北京市委、市政府以京津冀协同发展战略为牵引，强化决策部署，狠抓环境法治，在燃煤总量削减、黄标车淘汰、城市环境基础设施建设等方面取得积极进展。但北京市环保工作压力传导层层递减，大气环境治理存在薄弱环节，考核追责不够，城市环境管理仍然比较粗放。
马馼最后通报了督察要求，“北京要持续推进大气、水污染防治，加强生态治理和饮用水源保护，加快建设垃圾减量化、无害化、资源化循环利用设施。强化环保党政同责和一岗双责，健全党政领导干部政绩考核制度和生态环境损害责任追究制度，打好环境治理攻坚战和持久战。要依法依规严肃责任追究，对于督察中发现的问题，要责成有关部门进一步深入调查，厘清责任，并按有关规定严肃问责。”
督察强调，北京市应抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送国务院。整改方案和整改落实情况及时向社会公开。
重型柴油车和非道路移动机械污染防控不力
2017年是“大气十条”考核年，北京的细颗粒物年均浓度要控制在60微克/立方米左右。
督察发现，北京大气环境治理存在薄弱环节，重型柴油车和非道路移动机械污染防控不力，对外埠货运车辆尾气执法检测手段不足，处罚力度偏弱，多按低限处罚，且劝返效果不佳，罚款变相成为“过路费”。
督察还发现，有的机动车检测场管理不到位，顺义区京顺机动车检测场不按标准规范进行检测操作，检测数据异常，存在重型车花钱过关现象。
在北京大气污染最严重的大兴区，督察进驻时仍有工业大院近70个，低端企业近万家，环境脏乱差问题突出。顺义区连续两年没有完成PM2.5浓度削减目标，降尘量位于北京市前列，一些已完成清洁能源改造的村庄存在复烧散煤现象。燕山石化2014年实施的VOCs治理减排项目中，截至督察时有3项没有正常运行，下属环境监测单位管理不规范。
煤质监管分工交叉，部门间互相推诿
“部分基层领导干部在思想认识上习惯把环境问题归咎于客观原因，谈及大气污染就强调区域外来输入，谈到水污染就强调水资源不足，对主观原因和自身工作问题认识不足。” 马馼说。
北京市一些部门履职不到位，市国土资源局违反相关规定，为北京哲君科技开发有限公司采矿许可证延期；市发展改革部门协调落实不力，致使全市本地发电量不降反增，外调电比例从2013年63.8%下降至2015年56.5%，给大气污染治理工作带来被动。
督察发现，北京市清洁空气行动计划、水污染治理方案等均提出明确的任务目标和考核标准，但执行过程考核不严，问责不力。
例如，华能北京热电厂新增燃气发电机组（三期）项目未按时完成，但考核结果为完成；2014年怀柔等7个区清洁空气行动计划考核结果为不合格，但未按规定向社会公开，也未对有关单位和个人实施问责。
此外，督察还发现北京的建筑垃圾及渣土车管理由6个部门分段负责，轮流牵头，多头管理；煤质监管分工交叉，市级质监、工商部门互相推诿，2016年均未开展相应工作，“部门之间协同不够。”
2016年19条黑臭水体治理任务仅完成1条
除了大气污染防治，北京市的水环境现状也不容乐观。
2015年全市206个地表水监测断面中有106个不符合水功能区要求，劣V类断面占比39%；与2013年相比，全市有29个河流监测断面污染物浓度不降反升；9条有水的出境河流中，8条为劣V类。
按计划，2016年应完成19条黑臭水体治理任务，但截至2016年12月仅完成1条。
污水直排或超标排放问题突出，朝阳区小红门污水处理厂长期超负荷运行问题一直未有效解决；昌平区北京科技商务区再生水厂建设迟迟没有进展，导致每天约5万吨污水直排南沙河；百善再生水厂因管网配套严重不足，2013年6月建成后长期闲置。饮用水水源保护区内仍存在违法违规项目，密云水库饮用水水源二级保护区内仍有放马峪铁矿等3家公司继续生产，未按要求在2008年底前关闭。
生活垃圾和污泥处置问题突出
目前，北京市在用21家生活垃圾处理设施中有11家超负荷运行，列入计划的14座污泥无害化处理工程无一按期建成。
北京排水集团下属污水处理厂每年产生约90万吨污泥，70%送往四个污泥临时堆场，恶臭扰民，隐患突出。
垃圾渗滤液违规处置问题严重，9家垃圾转运站有3家未配套建设渗滤液处理设施，部分垃圾填埋场违反国家规定，将渗滤液运至污水处理厂或粪便消纳站处理，甚至直接排入市政管网；高安屯餐厨垃圾处理厂渗滤液去向不明。
全市17家粪便消纳站，具备生化处理能力的只有8家，多数难以达到纳管排放标准。餐厨垃圾收集处理能力严重不足，多数餐厨垃圾去向不明。
另外，北京市六环内城乡结合部聚集大量人口和低端产业，环境基础设施建设滞后，生活污水直排，生活垃圾乱倒等问题突出。部分基层政府和有关部门在城乡结合部整治中主动作为不够，存在“以拆代管”、“待拆不管”等问题，一些城乡结合部地区长期处于环境监管缺失状态。
督察组还对发现的生态环境损害责任追究问题进行了梳理，将按有关规定移交北京市委、市政府处理。