历史起源：两个民族都曾生活在同一块土地上
早在公元前1300年左右，犹太人从埃及出走后定居迦南（今巴勒斯坦），于公元前1028年，建立了希伯来王国。公元2世纪，犹太人叛乱导致大批犹太人被罗马帝国驱逐，阿拉伯人逐渐进入该地区。公元7世纪，穆罕默德创立伊斯兰教后，阿拉伯首次建立起最强大的政治军事组织——乌玛，开启对外扩张进程，并最终从东罗马帝国手中夺取该地区。此后，阿拉伯人便成为该地区的主体民族。这段复杂历史，使两大民族对巴勒斯坦地区均有强烈领土诉求。对于巴勒斯坦地区，以色列人认为是上帝应许给他们的土地，即所谓“应许之地”，阿拉伯人则认为是本民族无可争议的土地，并且双方都将耶路撒冷视为不可失去的“圣城”。
19世纪以来，大批犹太人为躲避欧洲人的迫害，移民巴勒斯坦地区，逐渐形成“犹太复国主义”。巴勒斯坦地区的阿拉伯民族主义则在一战后开始燃起。事实上，大量的阿拉伯人也是20世纪才进入到巴勒斯坦地区的，因为这里的犹太人企业可以提供就业。总体来看，这一时期，阿拉伯人是巴勒斯坦地区的主体民族。
外力介入：英国支持以色列建国埋下巴以冲突的祸根
美国出于自身利益考虑，也开始力挺以色列。1948年以色列宣布建国后，美国第一个率先承认以色列。冷战期间，美国将以色列作为抗衡苏联和阿拉伯民族主义势力扩张的前沿堡垒，对其提供大量经济和军事援助。这些年来，以色列每年从美国财政部获得38亿美元援助，是接受美国援助最多的国家。据美国国会研究机构称，1948—2012年，美国向以色列提供了2337亿美元援助。正是由于美国全力支持，以色列才能在与阿拉伯国家对抗中屡屡获胜，并在巴以冲突中有恃无恐。
阿拉伯世界分裂：巴勒斯坦事业独木难支
1947年11月，联合国出台巴以分治的《联合国第181号决议》。根据该协议，1948年英国结束在巴勒斯坦委任统治，该地区将分别建立独立的“阿拉伯国”和“犹太国”。其中“阿拉伯国”国土约占巴勒斯坦地区总面积的43%，“犹太国”国土占巴勒斯坦地区总面积的57%。该方案遭到阿拉伯人强烈反对，认为分给阿拉伯人的土地多为贫瘠之地，甚至否认“犹太国”存在的合法性。以色列建国第二天，埃及、伊拉克、叙利亚和黎巴嫩等多国组成的阿拉伯联军进攻以色列，试图将“犹太国”直接消灭。结果，阿拉伯国家惨败，除加沙和约旦河西岸部分地区外，以色列反而借机占领了整个巴勒斯坦地区五分之四的土地。至此，《联合国第181号决议》的计划彻底成为泡影。因为在之前，巴勒斯坦是一个地区概念而不是任何国家的国名，自从第一次中东战争以后，“阿拉伯国”始终未能正式建立，这实际上意味着巴勒斯坦问题作为一个重要的国际问题和中东的核心问题开始正式进入国际视野。
此后，阿拉伯国家与以色列之间多次爆发中东战争。尤其1967年第三次中东战争后，以色列占领了埃及的西奈半岛、叙利亚的戈兰高地、约旦河西岸地区、整个耶路撒冷及加沙地带共达65000多平方公里的土地。大批巴勒斯坦难民被赶出家园，如今国际上倡导的“1967年边界”指的就是这次战争前的以色列领土范围。而且，由于这场战争的挫败，让阿拉伯民族主义逐渐淡出历史舞台。此后，虽然1973年爆发的第四次中东战争（“赎罪日战争”）使部分阿拉伯国家收回部分领土，阿拉伯世界也提出了对以色列“不承认、不谈判、不和解”的原则，但由于1979年埃及单独与以色列和解，使巴勒斯坦人最关心的土地问题、耶路撒冷问题，以及以色列占领的其他阿拉伯国家领土问题未能得到解决。这意味着阿拉伯世界反以统一战线出现巨大分裂，巴勒斯坦解放事业由此被蒙上阴影。
在此后的巴以博弈中，以色列一度接受“土地换和平”协议，双方最终在美国斡旋下签署《奥斯陆协议》。根据巴以双方协议，巴方在加沙、杰里科等地实行有限自治。之后，法定的巴方控制区逐渐扩大，目前包括加沙地带全境和约旦河西岸部分土地，总面积约2500平方公里。然而，以色列仍然控制约旦河西岸许多地区，并在该地区持续扩建犹太人定居点，约旦河西岸被犹太人定居点分割为碎片化的土地，巴勒斯坦人遭遇“种族隔离”并受到以色列警察的严密控制。
“以强巴弱”：导致巴以冲突日渐失控
就巴以博弈而言，双方力量对比出现了以色列一枝独大、巴勒斯坦日趋衰弱的不平衡发展局面，由此导致双方关系的主旋律从“和平”转向“冲突”。
进入21世纪以来，美国在中东发动“反恐战争”，推翻了伊拉克萨达姆政权，由此帮助以色列去掉一个心腹之患。2011年中东剧变后，随着埃及、利比亚、叙利亚等国出现政权垮台乃至全面内战，以色列在中东的安全环境空前改善。与此同时，巴勒斯坦内部的法塔赫与哈马斯之间内耗加剧。2007年，哈马斯与法塔赫发生武装冲突，进而将法塔赫势力驱逐出加沙，而法塔赫后续则在约旦河西岸成立了“没有哈马斯”的巴勒斯坦政府。自此，巴勒斯坦内部分道扬镳，形成哈马斯控制加沙，法塔赫控制（一部分）约旦河西岸的局面。这使巴勒斯坦一方更加虚弱。再加上近年来沙特和阿联酋等阿拉伯国家寻求与以色列缓和关系，配合美国对伊朗的战略围堵。在这种背景下，巴勒斯坦问题逐渐被边缘化。阿拉伯国家将伊核问题视作该地区的核心问题。没有团结的阿拉伯世界“撑腰”的巴勒斯坦独木难支。
在巴勒斯坦内部，由于“两国方案”始终无法落实，阿巴斯政府的民意支持逐渐下降，约旦河西岸的民众在面对以色列日益极端的动态后，转而倾向于同样日益极端的哈马斯，以色列和哈马斯的矛盾呈螺旋式上升。2014年和2021年，以色列先后进入加沙地带进行大规模军事行动。内塔尼亚胡再度执政后，以色列加快了侵蚀约旦河西岸土地的步骤。2023年哈马斯发动“阿克萨洪水”行动是双方矛盾冲突的最新体现。