《沙尘暴》这个名字既具象又隐喻，剧中的库鲁这个小地方，年轻人总是想方设法离开，去外面的世界读书或工作，刘大福（后来改名刘大志）便是其中之一。然而，刘大志品行不端，正是他的恶行为本剧的罪恶根源。
风沙遮蔽了库鲁的天空，也掩藏了许多不可告人的秘密。正是这种风沙，给了罪恶蔓延的机会。刘盈盈，一个原本充满希望的女人，却因为家庭的重压，成为了牺牲品。她最终也不得不以罪恶的方式进行反击。
刘大志虽然品行不佳，却是刘三成重视的亲生儿子，反而非亲生女儿刘盈盈命运多舛。王良作为刘三成的徒弟，进入这个家庭后，逐渐改变了刘盈盈的命运。那个因刘大志误杀程春而引发的一连串事件，也从这里开始。
程春表面上经营米线店，实际上从事皮肉生意。她曾用自己的积蓄供刘大志上大学，希望他能带她走出库鲁。然而，刘大志不仅不感恩，甚至嫌弃她的职业，最终在一次冲突中，刘大志不小心把程春推倒在石头上致死。
迷茫的刘大志向父亲刘三成求助，刘三成决定让儿子将程春的尸体带到锅炉房焚烧。这就是开篇出现的尸体。虽然案件真相已揭晓，凶手也已经确定，但随着刘三成的死，事情并未就此结束。
在锅炉房工作的王良发现了刘大志的罪行，为了封口，刘三成把自己的女儿当作牺牲品，交给王良。两人甚至有了孩子多多。多多最后死于白血病，仿佛是对这个家庭的惩罚。
刘大志拒绝为多多做骨髓配型，刘三成也站在儿子一边，导致多多的最后希望破灭。刘盈盈对父亲和弟弟的怨恨变得愈加深刻，尤其是他们日渐加剧的冷酷行为。刘三成甚至让刘盈盈去杀掉王良，认为她即便被抓也不会遭遇严惩。
刘盈盈将此事告诉了王良，建议他反过来动手杀了刘三成。尽管心生犹豫，王良最终还是下定决心。临行前，他想争取最后一次机会，问刘三成如果他离开是否能解决问题，但刘三成回应为时已晚。失望的王良，带着对刘盈盈的爱，将自己的师父刘三成杀害。
刘大志对父亲的死心生疑虑，怀疑是王良所为，想让刘盈盈去除掉王良。这一幕几乎与当初刘三成的安排如出一辙，刘三成认为刘盈盈能以不留痕迹的方式解决问题。
然而，事情突然发生了转折。刘盈盈原本对王良充满恨意，但在这关键时刻，她与王良联手，将所有知情者一一除去。正如刘盈盈在被捕后所说，尽管她一直讨厌王良，但刘三成和刘大志父子视她为替罪羊和工具。令人讽刺的是，王良，那个曾带来伤害的人，反而是唯一愿意为她去除障碍的人。
而这个新的仇人正是丁宝元，他被孙彩云蛊惑，承认自己是凶手。丁宝元在狱中度过了八年，而孙彩云和关乔则毫无愧疚地生活在一起。被放出来的丁宝元急于复仇，首先杀死了作家关乔——那个把真实案件写入小说《沙尘暴》中的人。关乔被丁宝元钉死在沙漠里。
在丁宝元与王良的搏斗中，刘盈盈成功将丁宝元打晕。夫妻二人说服丁宝元帮助他们除掉刘大志。王良随后在丁宝元返回途中用钢丝拦截了他，彻底结束了丁宝元的复仇。这样，从刘大志引发的一系列罪行终于画上句号，更多人的生命也因此戛然而止。
除了程春的悲剧命运外，剧中展现了刘盈盈这一角色的深刻悲惨命运。剧集后半部分通过回忆揭示了她的遭遇。刘三成对待刘盈盈和王良的方式近乎相同，两个没有血缘关系的“外人”被他的决定紧紧绑在了一起，最终也被他亲手摧毁了人生。
这部剧的现实反思是，刘三成一心培养优秀但品行差的儿子刘大志。刘大志虽然走出了库鲁，却将罪恶留在了这里。为了儿子的未来，刘三成毁掉了女儿刘盈盈的幸福，她本该有更好的未来，却终究陷入了罪恶的漩涡，并以同样的方式进行了反击，成为了悲剧的中心。
剧集的节奏从第七集开始加速，剧情逐渐紧凑，真相一点点浮出水面。人物关系的复杂性与对人性的深刻反思，使这部剧在文学性上超越了许多近期的罪案剧。尽管白夜剧场的宣传相对较少，但它成功地打造了一部既有故事性也有思想性的精品剧集。