年被引用次的高颜值火山图绘制方法来了！

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今天再给大家安利一个专业绘制火山图的高颜值R包：EnhancedVolcano，非常快捷即可获得超高颜值火山图！

我们先看一张说明文档中的示例美图：

一整个狠狠爱住了！且这个包仅在今年（2021）年就被引用了632次！使用人数像是坐火箭般的蹭蹭上涨~

废话不多说，下面就用起来！

# 利用BioManager安装EnhancedVolcano包并载入

if(!requireNamespace( "BiocManager",quietly=TRUE))

BiocManager::install( "EnhancedVolcano")

library(EnhancedVolcano)

#设置工作目录并载入本地数据：

setwd( "C:/Users /Desktop/ EnhancedVolcano")

使用的数据data如下，我们绘图仅需要id、log2 FC、Pvalue（或FDR）这三列数据即可。

#默认原始参数绘制基本火山图：

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id)

EnhancedVolcano包可以自动为选定的差异显著性检验P值或FDR值取对数，即计算-log10(p)/- log10(FDR)作为纵坐标 ，这让我们能够少敲几行代码，还是非常不错滴！

从下文就正式开始各项参数的配置啦，整个绘图过程只用到EnhancedVolcano一个函数，我们根据需求在函数内添加各类参数（每段新添加的会放在最后）即可实现不同的效果。

#首先按需求设定x和y轴的阈值线：

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平，0.05)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直，-1.5~1.5）

pointSize=3,#散点大小

labSize=5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100)) #限制Y轴范围

#调整散点的颜色和透明度：

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

####↓新加入↓####

col=c('#b5b5b5','#b5b5b5','#4D4398','#F18D00'),#调整颜色

colAlpha=0.6)#调整透明度

现在只能按照NS/ log2 FC/p-value/p-value and log2 FC的顺序指定颜色，如何自定义我们在后文会提到。

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

col=c('#b5b5b5','#b5b5b5','#4D4398','#F18D00'),#调整颜色

colAlpha=0.6,#调整透明度

####↓新加入↓####

selectLab=c('novel_circ_022837','novel_circ_016586','novel_circ_024554','novel_circ_019332','novel_circ_008986'),#使用selectLab参数选定所关注标签

xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'))#将内容传递给xlab

#标签美化：

downvals<-c('novel_circ_022837','novel_circ_016586','novel_circ_024554')

upvals<-c('novel_circ_019332','novel_circ_008986')

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=4,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

col=c('#b5b5b5','#b5b5b5','#4D4398','#F18D00'),#调整颜色

colAlpha=0.6,#调整透明度

xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),#将内容传递给xlab

####↓新加入↓####

labCol='black',#标签颜色

labFace='bold',#标签字体

boxedLabels=TRUE,#是否在框中绘制标签

drawConnectors=TRUE,#是否通过连线将标签连接到对应的点上

widthConnectors=0.8,#连线的宽度

endsConnectors= "last",#连线绘制箭头的方向，可选first、both、last

colConnectors='black')#连线的颜色

# EnhancedVolcano+coord_flip可翻转坐标轴：

即我们在上一段的代码后直接+coord_flip可实现炫酷的翻转~

#自定义颜色，现在将log2FC>1.5（up）指定为橙色，将log2FC<-1.5（down）指定为蓝色，其余（nodiff）为灰色:

#指定标签向量group，通过ifelse条件判断函数指定标签和对应颜色

group<-ifelse(

data$log2FC<(-1.5)&data$Pvalue<0.05,'#4D4398',

ifelse(data$log2FC>(1.5)&data$Pvalue<0.05,'#F18D00',

' #b5b5b5'))

names(group)[group=='#F18D00']<-'Up'

names(group)[group=='#b5b5b5']<-'Nodiff'

names(group)[group=='#4D4398']<-'Down'

downvals<-c('novel_circ_022837','novel_circ_016586','novel_circ_024554')

upvals<-c('novel_circ_019332','novel_circ_008986')

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=4,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),#将内容传递给xlab

labCol='black',#标签颜色

labFace='bold',#标签字体

boxedLabels=TRUE,#是否在框中绘制标签

drawConnectors=TRUE,#是否通过连线将标签连接到对应的点上

widthConnectors=0.8,#连线的宽度

endsConnectors= "last",#连线绘制箭头的方向，可选first、both、last

colConnectors='black',#连线的颜色

####↓新加入↓####

colCustom=group,#用group覆盖默认配色方案

colAlpha=0.6)#调整透明度

##标题、副标题、图例、阈值线等的美化：

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=3.5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),#将内容传递给xlab

labCol='black',#标签颜色

labFace='bold',#标签字体

boxedLabels=TRUE,#是否在框中绘制标签

drawConnectors=TRUE,#是否通过连线将标签连接到对应的点上

widthConnectors=0.8,#连线的宽度

endsConnectors= "last",#连线绘制箭头的方向，可选first、both、last

colConnectors='black',#连线的颜色

colCustom=group,#用group覆盖默认配色方案

colAlpha=0.6,#调整透明度

####↓新加入↓####

cutoffLineType='longdash',#阈值线类型，可选“blank”、“solid”、“dashed”、“dotted”、“dotdash”、“longdash”和“twodash”

cutoffLineCol='pink',#阈值线颜色

cutoffLineWidth=0.88,#阈值线粗细

title= "Volcano Plot Exp",#主标题

subtitle= "Differential expression",#副标题

caption=bquote(~Log[2]~ "fold change cutoff,1;p-value cutoff,0.05"),#注释说明

legendPosition='right',#图例位置

legendLabSize=12,#图例文字大小

legendIconSize=6)#图例符号大小

vals<-c('novel_circ_022837','novel_circ_016586','novel_circ_024554','novel_circ_019332','novel_circ_008986')

group<-ifelse(

data$log2FC<(-1.5)&data$Pvalue<0.05,'#4D4398',

ifelse(data$log2FC>(1.5)&data$Pvalue<0.05,'#F18D00',

' #b5b5b5'))

names(group)[group=='#F18D00']<-'Up'

names(group)[group=='#b5b5b5']<-'Nodiff'

names(group)[group=='#4D4398']<-'Down'

EnhancedVolcano(data,

x= "log2FC",

y= "Pvalue",

lab=data$id,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

labSize=3.5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#限制X轴范围

ylim=c(0,100),#限制Y轴范围

xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),#将内容传递给xlab

labCol='black',#标签颜色

labFace='bold',#标签字体

boxedLabels=TRUE,#是否在框中绘制标签

drawConnectors=TRUE,#是否通过连线将标签连接到对应的点上

widthConnectors=0.8,#连线的宽度

endsConnectors= "last",#连线绘制箭头的方向，可选first、both、last

colConnectors='black',#连线的颜色

colCustom=group,#用group覆盖默认配色方案

colAlpha=0.6,#调整透明度

cutoffLineType='longdash',#阈值线类型，可选“blank”、“solid”、“dashed”、“dotted”、“dotdash”、“longdash”和“twodash”

cutoffLineCol='pink',#阈值线颜色

cutoffLineWidth=0.88,#阈值线粗细

title= "Volcano Plot Exp",#主标题

subtitle= "Differential expression",#副标题

caption=bquote(~Log[2]~ "fold change cutoff,1;p-value cutoff,0.05"),#注释说明

legendPosition='right',#图例位置

legendLabSize=12,#图例文字大小

legendIconSize=6,#图例符号大小

####↓新加入↓####

pointSize=c(ifelse(data$id %in% vals,5,3)))#通过ifelse条件判断函数指定散点大小

我们再改个配色和翻转坐标轴看看效果:

PS

一步步拆解下来，看起来代码有点多，但其实全部代码也就是最后一段的内容，大家练习直接复制最后一段即可，其实是比较简单的。

THE END

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