前往银河队总部触发剧情，对话后直接进入主任务「神话的探究者」。
神话的探究者
到黑曜原野高港基地与望罗对话；
到达地图东北方向险林目的地消灭蜂女王头目；
Lv60蜂女王，重点弱岩石，其次飞行、火、电、冰，虫伤害减半，格斗和草基本无效，地面无效；
击败蜂女王获得「岩石石板」；
离开黑曜原野前往古昔隐居地，进入屋子与吾思对话；
把对话全听完会接到五个主任务，「神话的探究者」结束。
接下来针对「湖泊的石板」、「吹火岛的石板」、「迎月战场的石板」、「雪峰神殿的石板」、「起始海滩的石板」五个主任务进行。
获得另外两个御三家
到银河队总部星月左边办公室找拉苯博士对话直接获得另外两只宝可梦。
2起始海滩的石板
接到五个石板任务后离开古昔隐居地会强制回到祝庆村，马加木会让你到起始海滩决一胜负；
※可后期前来挑战
马加木宝可梦信息：Lv65隆隆岩、Lv66卡比兽、Lv65赫拉克罗斯、Lv65皮克西、Lv65勇士雄鹰洗翠样子
（隆隆岩重点弱水和草，其次格斗、地面、钢、冰，电无效）
（卡比兽弱格斗，幽灵无效）
（赫拉克罗斯重点弱飞行，其次火、超能力、妖精，格斗、地面、虫、草、恶伤害减半）
（皮可西弱毒和钢，龙无效）
（勇士雄鹰洗翠样子弱岩石、幽灵、电、冰、恶，草和超能力伤害减半，格斗几乎无效，地面无效）
击败马加木获得「拳头石板」，本主任务直接完成结束。
3湖泊的石板
湖泊的石板
本次主要条件是捕捉艾姆利多、亚克诺姆与由克希3只宝可梦；
分别前往黑曜原野的心齐湖洞窟、纯白冻土的睿智湖洞窟、红莲湿地的立志湖洞窟洞窟内捕捉即可；
任务强制必须抓获如果打败了会强制复活重来；
三个宝可梦弱点和等级都一样；
弱虫、幽灵、恶；
格斗、超能力伤害减半；
地面无效；
心齐湖洞窟
Lv70艾姆利多
睿智湖洞窟
Lv70由克希
立志湖洞窟
Lv70亚克诺姆
不分捕捉先后顺序，捉到三个后直接获得「龙之石板」，本主任务直接完成结束。
4吹火岛的石板
吹火岛的石板
前往群青海岸触发剧情；
然后快速传送到熔岩战场，进入火山口祠；
发现一个被火焰保护的宝可梦席多蓝恩，直接投出宝可梦并不能进入对战；
需要捡起周围地上的泥丸投中席多蓝恩五次就会解除火焰保护，这时候再用宝可梦与他进入对战即可；
本次也是强制捕捉，打死后会重来；
Lv70席多蓝恩
重点弱地面，其次格斗和水；
一般、飞行、超能力、龙伤害减半；
虫、钢、草、冰、妖精基本无效；
成功捕捉席多蓝恩后直接获得「钢铁石板」，本主任务直接完成结束。
5迎月战场的石板
前往天冠山麓迎月战场目的地触发剧情；
剧情将直接进入迎月战场，战场内出现宝可梦克雷色利亚；
一开始会让玩家眩晕导致移动操控均为反方向；
只要任意拿东西砸中它就能解除保护和眩晕状态；
Lv70克雷色利亚
弱虫、幽灵、恶；
格斗、超能力伤害减半；
成功捕捉克雷色利亚后直接获得「恶颜石板」，本主任务直接完成结束。
6雪峰神殿的石板
前往纯白冻土到达雪峰神殿进入内部；
到达雪峰神殿内部目的地调查大门触发剧情；
收集获得带着「岩石石板」、「钢铁石板」、「冰柱石板」再次调查大门才能产生反应并打开这扇大门；
「钢铁石板」：吹火岛捕捉席多蓝恩获得；
「岩石石板」：主任务20 神话的探究者 击败蜂女王获得；
「冰柱石板」：镇抚雪原王冰岩怪后获得；
到达底层深处接近前方出现的宝可梦会直接进入战斗；
Lv70雷吉奇卡斯
弱格斗；幽灵无效；
成功捕捉雷吉奇卡斯后直接获得「净空石板」，本主任务直接完成结束。
7寻求所有的石板
完成「湖泊的石板」、「吹火岛的石板」、「迎月战场的石板」、「雪峰神殿的石板」、「起始海滩的石板」五个主任务后前往古昔隐居地找吾思对话；
吾思要求收集3个木材；
关于木材这个比较稀少，在黑曜原野的鹿角山道周围能找到一两个...纯属建议参考；
交纳3个木材给吾思后触发剧情然后获得「妖精石板」；
前往天冠山麓山顶基地到达祈祷广场目的地触发剧情；
前往神奥神殿目的地触发剧情与望罗对战；
宝可梦驯化师的望罗宝可梦信息：Lv68花岩怪、Lv68风速狗洗翠样子、Lv68罗丝雷朵、Lv68路卡利欧、Lv68波克基斯、Lv68烈咬陆鲨
（花岩怪弱妖精，毒减半伤害，一般、格斗、超能力无效）
（风速狗洗翠样重点弱地面和水，其次是格斗和岩石）
（罗丝雷朵弱飞行、火、超能力、冰，格斗、水、电、妖精减半伤害，草几乎无效）
（路卡利欧弱格斗、地面、火，一般、钢、草、冰、龙、恶伤害减半，岩石、虫几乎无效，毒无效）
（波克基斯弱毒、岩石、钢、电、冰，草和恶伤害减半，格斗和虫几乎无效，地面和龙无效）
（烈咬陆鲨重点弱冰，其次龙和妖精，毒、岩石、火减半伤害，电无效）
击败望罗继续进入剧情，紧接着骑拉帝纳出现继续进入战斗；
※注意：本次战斗必须击败骑拉帝纳无法捕捉！打完别种形态后会立马变起源形态！
Lv70骑拉帝纳（别种形态）
弱幽灵、冰、龙、恶、妖精；
毒、虫、火、水、草、电减半伤害；
一般和格斗无效；
Lv70骑拉帝纳（起源形态）
弱幽灵、冰、龙、恶、妖精；
毒、虫、火、水、草、电减半伤害；
一般、格斗、地面无效；
击败骑拉帝纳后进入剧情，从望罗那获得「妖怪石板」，本主任务直接完成结束。
接着「神阖之笛」变成了「天界之笛」，进入主任务「被称为神的宝可梦」。
※如果没有相遇全部宝可梦的话无法进行主任务「被称为神的宝可梦」。二周目内容暂时到这里告一段落但还没结束。
副任务91「骑拉帝纳的去向」
回村后进入剧情强制开启副任务91「骑拉帝纳的去向」,得知刚刚神奥神殿战斗过的骑拉帝纳在群青海岸处。
前往群青海岸地图西北处的归途洞窟内捕捉骑拉帝纳，直接以起源形态进入战斗；
Lv70骑拉帝纳（起源形态）
弱幽灵、冰、龙、恶、妖精；
毒、虫、火、水、草、电减半伤害；
一般、格斗、地面无效；
捕捉骑拉帝纳后获得「大白金宝玉」,然后去和拉苯博士汇报完成副任务91「骑拉帝纳的去向」，获得奖励「奋斗岩」x1；
「大白金宝玉」是给骑拉帝纳切换形态用的重要道具。
副任务94「洗翠的化身们」
回到银河队总部触发剧情，吾思将会告诉你三个卷云宝可梦的位置，预览完三个神的说明后接取副任务94「洗翠的化身们」；
三云捕捉方式难度会比较特殊，他们在很远的地方就能发现你然后又跑远，你需要用东西砸中它三次解除他周围的旋风，并且会进入眩晕状态来用宝可梦进入战斗捕捉它，建议带多点飞梭球扔的远；
注意每次砸中砸完请不要靠近他会放龙卷风攻击或者大范围吼叫让你受伤无法行动，同时也要注意所在位置附近的其他宝可梦袭击；
三云出现有指定的天气才会出现，可以通过基地睡觉刷天气；
土地云位置
黑曜原野玫瑰岛应该是全天夜晚；
龙卷云位置
纯白冻土酷寒荒地暴雪天气夜晚，有冰鬼护头目的地方；
雷电云位置
群青海岸沙手暴风雨乌云带电的图标夜晚，具体位置如下图红色范围内出现，是在海面；
雷电云在海面上比较麻烦，建议和它保持距离基本不要移动慢慢靠近击中它三次，解除旋风后再上去对战；
抓完三云后需要完成三云的图鉴调查再到古昔隐居地向吾思汇报，完成图鉴随便找小怪放四次迅疾暴风招式即可完成；
根据吾思的提示到红莲湿地捕捉眷恋云；
眷恋云位置
红莲湿地绯红沼范围西处，捕捉后再完成图鉴页面回去和吾思汇报；
从吾思处获得「现形镜」；此道具用于变换四云形态用，此任务完成结束。
8被称为神的宝可梦
※本次任务前提条件硬性要求全宝可梦捕捉（241只）才等于相遇全宝可梦，因为全捕捉后与拉苯博士汇报会有一段剧情提示你要去完成这次主线任务。
调查前方目的地吹奏天界之笛进入剧情直接进入镇抚阿尔宙斯环节；
镇抚阿尔宙斯
吹笛子之前建议带好配好宝可梦，因为阿尔宙斯眩晕的时候最好进行宝可梦对战，对于阿尔宙斯对战他会先变成克制你的当前宝可梦的属性基本一招被秒，这种情况建议配队好送死被秒的宝可梦，然后与克制阿尔宙斯变化属性的宝可梦。
宝可梦配队建议：
烈咬陆鲨，会让阿尔宙斯变成冰系给予你4倍伤害秒杀；
火系宝可梦，如火暴兽克制冰，刚烈喷射火焰秒杀阿尔宙斯；
※我方倒下宝可梦后会有连续两回合的行动机会，可以利用这个机会先用道具复活死掉的烈咬陆鲨保持还有替死鬼的机会索取两回合行动，建议携带多点全复药和活力块。
镇抚攻略：
阿尔宙斯的攻击比较频繁，但是机会很多，总共有7种攻击动作，但是基本你只会看到6种攻击动作。
1.原地波形攻击+陨石，攻击持续6次；
闪避并注意逃离陨石砸下的位置，拉开与阿尔宙斯的距离即可。
2.追踪光线，攻击持续6次；
听声音有节奏的闪避多开即可，这里没有机会投掷镇宝。
3.红色大范围攻击；
阿尔宙斯发这招时身体会发红，然后闪现到距离你比较远的地方蓄力放招，快速翻滚到他面前投镇宝躲过即可，如果没躲过的话他还会再放一次这招。
4.时空裂缝；
放完第三招后基本会原地发黑光消失，然后在你的视线范围内出现裂痕冲刺突然冲刺过来撞你，这个自己把握好时机闪避即可。
5.分身大范围攻击；
招式发动前他会瞬移消失并且，周围出现好几个红色光球变为分身然后大范围蓄力放招，其中有个范围是安全范围，快速进入安全范围后找到真身投掷镇宝消除掉阿尔宙斯头上的光球避免全屏攻击，身上会发出红色微光即是真身，注意安全范围会更换，消除掉头上光球后可以让阿尔宙斯进入眩晕状态。
6.带光球原地波形攻击
身上发粉色的光原地站着的时候也是要发大招的去情况，注意波形攻击躲避快速消掉头上的光球，可用宝可梦进入战斗获得眩晕机会。
7.瞬移；
这招与镇抚帝牙卢卡和帕路奇亚时候一样的，就是突然到你面前放招，由于这招防不胜防没有太好的建议，而且这招在阿尔宙斯里出现几率很低。
镇抚成功后将获得「传说石板」，并且完成主任务「被称为神的宝可梦」，画面结束后获得阿尔宙斯宝可梦。
游戏进度到这里基本99%完全结束，再次调查这个位置的时候可以重复挑战游玩镇抚帝牙卢卡、帕路奇亚和阿尔宙斯。